Está previsto que el Tren a las Nubes realice otros viajes de prueba durante el mes de noviembre y los meses de la temporada estival, y que a partir de marzo de 2008 realice tres viajes semanales.Como se recordará, el servicio fue interrumpido hace más de dos años cuando una incidencia técnica dejó varada en la altura a una formación repleta de turistas. Tras el incidente, el gobierno decidió rescindir el contrato de concesión entonces en vigor y convocó a un nuevo proceso público de adjudicación. El servicio finalmente será prestado por Ecotren, una Unión Transitoria de Empresas formada por las empresas Tranex, Lesamis y Escopa, que será la encargada de explotar la línea en los próximos 23 años.
De acuerdo a la información proporcionada por el gobierno, Ecotren tiene previsto realizar una inversión de 45.000.000 de pesos en los próximos cuatro años, buena parte de la cual irá a parar a la mejora de la seguridad, para evitar incidentes como el que en julio de 2005 motivó la interrupción del servicio.
El propio Romero anunció que la nueva seguridad del Tren a las Nubes se basa en las obras de mejora del trazado ferroviario llevadas a cabo por su gobierno en unos 50 km de vía, y que, a partir del nuevo servicio, el tren contará con dos máquinas. Se prevé que estas obras finalicen en marzo próximo y que el gobierno nacional se haga cargo del coste de las mismas.