Los hermanos están acusados de haber dado muerte a Mathieu Martin y de haberse desecho de su cuerpo. Los fiscales los acusan de un delito de homicidio simple.
Según consta en la investigación, la autoría material del hecho se desprende de un informe del servicio de biología molecular del CIF, cuyo análisis se realizó sobre una pulsera de goma secuestrada a Juan Cuevas, lo que permitió establecer un perfil genético compatible con un hijo de los padres de Mathieu.
Por otra parte, dos testigos que han declarado durante la etapa de instrucción han señalado a los hermanos como responsables del hecho. Uno de ellos, que fue pareja de una hermana de los acusados, declaró que supo por su entonces compañera que los hermanos “se habían mandado una macana” y que Juan Cuevas, en estado de ebriedad, atacó a traición a Martin con un arma blanca. El testigo afirmó incluso recordar que en el mes de agosto de 2018 vio fuego en la casa de los Cuevas, en Huacaloma. Cuando fue a ver, le dijeron que estaban «quemando ropa vieja» y encontró solamente cenizas.
El segundo testigo es un baqueano de la zona que colaboró en las tareas de búsqueda del turista. El hombre declaró que habló con Froilán Cuevas en diciembre de 2018 cuando acompañó a la Policía al paraje Huacaloma y éste le confesó que su hermano Juan había apuñalado a Martin en las costillas.