Lugones nació en 1952 en la localidad bonaerense de 25 de Mayo y es médico veterinario graduado en la Universidad Nacional de La Plata. Fue ordenado sacerdote en 1988 y designado párroco de San Francisco Javier en Resistencia, Chaco, en donde también fue superior de la residencia jesuita.En la vecina provincia fue director espiritual y profesor del Seminario Interdiocesano de Resistencia, presidente de la Fundación San Javier "Chicos de la calle" y "Niños en riesgo", y director de ejercicios espirituales de la Casa "San Ignacio", de la Compañía de Jesús.
Desde junio de 1999 se desempeña como Obispo de Orán, tras ser ordenado como tal en una ceremonia celebrada en la ciudad de Resistencia y presidida por el cardenal arzobispo de Buenos Aires Jorge Mario Bergoglio.